A nemzeti park megalakulása előtt a gazdálkodási szempontok voltak az elsődlegesek Fülöpszállás és Bugac térségében, ma az élőhelyek állapotának javítása a fontos a védett területeken.
A nemzeti park két területegységén ezért megszüntetik a Kelő-éri belvízelvezető csatornát, valamint felszámolják a meg nem valósult halastavakhoz tervezett Kelemen-széki tápcsatornát. A munkagépekkel összesen 46.000 köbméter földet mozgatnak majd meg, hogy a vonalas tájsebek megszüntetésével helyreállítsák a természetes felszíni vízmozgásokat, és ezáltal javítsák az élőhelyek ökológiai állapotát. Mindkét helyszínen a munkálatok a nemzeti park vagyonkezelésében álló földeket érintik.
A Kelemen-széki tápcsatorna megszüntetésén már dolgoznak a munkagépek, február végéig le is zárul a tereprendezés első üteme. A szóban forgó csatorna a Felső-Kiskunsági szikes tavak területén húzódik, ahol a Duna-Tisza köze legnagyobb kiterjedésű szikes tavai találhatók. Ez egyúttal Natura 2000 terület, és különösen gazdag madárvilága miatt a vizes élőhelyek védelmére létrehozott Ramsari Egyezmény hatálya alá is tartozik. Megtalálható itt számos ritka és veszélyeztetett madárfaj, többek között gulipán, gólyatöcs, széki lile, nagy goda és piroslábú cankó.
Korábban az volt az elképzelés, hogy ezeket a szikes tavakat halgazdálkodási célra fogják átalakítani. A nemzeti park 1975-ös megalakulása miatt azonban a terv - szerencsére - sosem vált valóra, a csatorna viszont megmaradt, kettévágva a területet és kedvezőtlenül befolyásolva annak természetes vízviszonyait.
Az uniós támogatású projekt keretében a Kelemen-széki tápcsatornát és a vele párhuzamosan futó árkot töltéseik anyagával temetik be. A tereprendezést új madármegfigyelő leskunyhó és új tanösvény megépítésével zárják.
Még idén ősszel elkezdik a munkát egy másik helyszínen is, a nemzeti park Bócsa-Bugac buckavilága és pusztái elnevezésű területegységén. A Kelemen-székhez hasonlóan ez is egy kiemelt jelentőségű különleges természetmegőrzési (Natura 2000) terület, ahol a homokhátak között turjános mocsarak és szikes tavak alakultak ki. A terület gazdag állatvilága mellett a növényvilág is különleges. A vizes, tocsogós réteken májusban például több orchideaféle is virágzik megtalálható itt például az agárkosbor és a mocsári kosbor.
Ahhoz hogy a vizet megtartsák a területen, szakaszosan betemetik a Kelő-éri csatornát és elbontanak egy egyébként is használhatatlan úttöltést, amely a Szekercés-szék tómedrének élőhelyeit és felszíni vizeit gátként választja szét.
A két munkaterületen összesen 11,5 kilométernyi vonalas létesítményt (csatornát, árkot, úttöltést) temetnek be, illetve bontanak el. A cél az, hogy megszüntessék a természetes felszíni vízmozgásokat akadályozó művi létesítményeket, és a vízmegtartással javítsák a vizes élőhelyek ökológiai állapotát., A projekt eredményeként néhány éven belül várhatóan megerősödnek majd az itt található ritka, veszélyeztetett állat- és növényfajok állományai is.
