A székicsér hazánk egyik legritkább fészkelő madárfaja, épp ezért a Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság szakemberei évről évre nagy figyelmet szentelnek a faj védelmének.
Az 1900-as évek elején a hazánkban fészkelő székicsérállomány nagysága még elérte az ötszáz párt, a nagyobb fészektelepek zömmel a Hortobágyon és a Kiskunságban voltak. A fészkelők száma a múlt század folyamán azonban a töredékére csökkent. Ennek oka részben az élőhelyek romlása és a legeltetési szokások megváltozása volt.
A székicsérek korábban természetes gyepeken fészkeltek, ezekből azonban mára egyre kevesebb van, így tojásaikat ma már főleg mezőgazdasági területeken, például kukorica- vagy napraforgóföldön rakják le. Kulcsfontosságú azonban számukra, hogy a fészkelőhely közelében vizes területek is legyenek, ahol a felnőtt madarak megfelelő táplálékot találnak a fiókák számára. Ezek a vízállások manapság főleg elárasztott rizsföldeket vagy nagy kiterjedésű belvizes területeket jelentenek.
A székicsér fészkét nem könnyű észrevenni, mert az csupán egy talajmélyedés. A fészkek és a fiókák védelme érdekében azonban nagyon fontos, hogy mielőbb megtalálják azokat a szakemberek, és a gazdálkodóval együttműködésben időben gondoskodjanak azok biztonságáról, és megelőzzék azt, hogy a mezőgazdasági gépek esetleg kárt tegyenek azokban.
Ahogy azt a Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság közösségi oldalán olvashatjuk, a 2000-es évek elején a székicsér hazai költőállománya 20 pár alá csökkent, 2020-ban azonban országosan már 44-46 pár kezdett költésbe. Ebből 43 pár a Nagykunságban fészkelt, és köszönhetően a Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóság természetvédelmi őrei által végzett védelmi munkának, valamint az érintett földtulajdonosok segítő szándékának, 85%-os költési sikert produkált.
A székicsérek szeptemberben Afrikába indulnak telelni, ahonnan április végén, május elején érkeznek vissza. A faj hazánkban fokozottan védett, pénzben kifejezett értéke 500 000 Ft.
